Pela Bula Ad Christi de 13 de julho de 1963, do então Papa Paulo VI, foi ereta a Prelazia Apostólica de Borba. Dom João de Souza Lima foi nomeado administrador Apostólico da Prelazia, a 24 de agosto de 1963. A ereção canônica da Prelazia deu-se em 14 de março de 1964 pelo administrador Apostólico Dom João. Em 18 de junho de 1964, pela Bula Summo Gaudio, foi nomeado Frei Adriano Jaime Miriam Veigle, primeiro Prelado Nullius da Prelazia de Borba. Dom Adriano foi canonicamente instalado como Primeiro Prelado de Borba, a 08 de setembro de 1964, na Catedral Santo Antônio de Pádua, cidade de Borba.
A renúncia de Dom Adriano saiu oficialmente em 06 de julho de 1988, quando foi nomeado seu sucessor, Dom José Afonso Ribeiro, TOR. Sua posse como segundo bispo Prelado aconteceu em 24 de setembro de 1988, servindo como Pastor Maior da Prelazia até o ano de 2006.
Aos 14 de julho de 2006, Dom Elói Roggia, SAC (Palotino), foi ordenado o terceiro Prelado de Borba. No dia 13 de agosto do mesmo ano tomou posse da Prelazia. Dom Elói dirigiu a Prelazia até o ano de 2017. No entanto, no dia 24 de fevereiro de 2016, o Papa Francisco nomeia como Bispo Coadjutor de Borba o Pe. Zenildo Luiz Pereira da Silva. Monsenhor Zenildo foi consagrado bispo na Arquidiocese de Manaus, no Santuário de Aparecida, no dia 02 de abril de 2016 e ficou como Bispo Coadjutor até o dia 20 de setembro de 2017, data em que foi aceito o pedido de renúncia ao governo da Prelazia por Dom Elói Roggia. O até então bispo coadjutor assume o governo pastoral da Prelazia. A posse oficial de Dom Zenildo Luiz ocorreu em 23 de setembro de 2017, na Catedral Basílica Menor de Santo Antônio, em Borba, Amazonas. O lema episcopal de Dom Zenildo volta-se a um grande apelo pastoral: “Apascenta minhas ovelhas”.